Szentesen 1802. december 29-én született, református papi családban.
Tanult Szentesen, Temesváron és Debrecenben. Eredetileg papi pályára akart lépni, mert félt a hazánkban akkor még kevés anyagi jutalommal kecsegtető művészeti pálya töviseitől.
Egy ideig hallgatta a teológiai tudományokat, de géniusza nem hagyta nyugodni és 1826-ban már Bécsben, a Művészeti Akadémián folytatja, majd 1830-ban fejezi be tanulmányait.
1830-ban hazajött és két évet töltött szülővárosában, Szentesen. Ezen idő alatt elismerésre tett szert több főrangú személyről festett, jól sikerült arcképeivel. Ugyanakkor későbbi kompozícióihoz vázlatokat készített. Szülővárosában nem kapott elég portrémegrendelést, ezért Svájcba, Olasz- és Németországba utazott. Külföldi körutazása után előbb Debrecenben, majd 1836-ban Pesten telepedett le. A Nemzeti Múzeum képtárának őrévé nevezték ki.
Eleinte arcképeket festett, de ekkor már mind sűrűbben jöttek önálló kompozíciói, melyek közül nevezetesebbek: A hit jutalma (allegóriai kép); Erdőszélen tüzelgető utazó parasztok (Nógrád vármegyei táj); A magyar fuvaros nyomorúsága (Heves vármegyei táj); Az eltévedt huszár – előőrs (Torna vármegyei táj).
Történelmi képei közül kiválik - a korszak festészetében sokszor megismétlődő Hunyadi János halálának témáját feldolgozó – Hunyadi a rigómezei csata után című festménye (1838). A biedermeier életfestészet szentimentális irányzatának hatását mutató festmény sikere után, egy grafikai és festménysorozatban az egész magyar történelem megrajzolását és megfestését tervezi. Tervét azonban csak 1858-ban tudja megvalósítani. Az 1840-es években elkezdte a protestáns köznemesi történelemszemléletet tükröző rajzsorozatát (Vérszerződés, Magyar Nemzeti Galéria), amelynek kiadását 1847-ben meg is hirdette.
A Magyar Képtár 1843-ban végre létrejött, amelynek felügyelője és rendezője, később 1847-ben őre lett.
A képtár őreként megbízást kapott a fiatalabb festőnemzedék elméleti és gyakorlati oktatására, amelyhez kézikönyvet is írt a vonal- és levegőperspektíváról, a színek erejéről, vegyítéséről és harmóniájáról.
A szabadságharc idején nemzetőr volt, egy szabadcsapat szervezője. Haditörvényszéki ítélettel 1850-ben eltávolították állásából. Későbbi nagyszámú történeti képein mintha mindig is a szabadságharcra utalt volna. 1858-ban nem kevesebb, mint tíz történeti tárgyú képet állított ki. Egyik legérettebb alkotása a Mátyás serege Szendrőnél győzelmet arat. E művében az erős magyar államot megalkotó király diadalát ábrázolja a hódítók fölött. A festmény ma már csak litográfiában látható, az eredeti – mint annyi más munkája is – eltűnt.
Az 1840-es években elkezdett és 1858-ban folytatott történelmi témájú képek közül említésre méltók a Magyar Nemzeti Múzeumban látható Eger ostroma (1858), és a Szendrői ütközet (1859), továbbá a magántulajdonban lévő a Vándor álma (Eltévedt előőrs) című festmények (1851), melyekben az elbukott szabadságharcnak állított emléket.
Kevés alakos munkái közül legnépszerűbb a Charitas–ábrázolások ikonográfiai hagyományát követő, a Magyar Nemzeti Galériában látható festménye, a Jablonczay Pethes János búcsúja (leányától a lipótvári börtön ablakánál). Az 1846-ban készült alkotás különösen a szabadságharc után vált ismertté, amikor az ellenreformáció mártírjaként tisztelt, gályarabságra ítélt református prédikátor alakjában a nemzet mártíromságának jelképét látták.
Utolsó jelentékenyebb műve Székely Imre magyar zongoraművész arcképe.
A Dobó Katica hősiessége című festmény (Magyar Nemzeti Galéria) keletkezésének időpontja ismeretlen, de minden bizonnyal ez a kép festészetünkben a török elleni harcok egyik legelső hatásos megjelenítése. Az ellenséget üldöző magyar nő elszántsága, kecsessége, a jelenet romantikus lendülete a képet rajzbeli fogyatékossága ellenére is kedveltté tette a közönség körében.
Kiss Bálint az 1868. január 27-én bekövetkezett haláláig a történeti festészet művelésével, tudatos hazafias feladatot vállalt. Változatos témái között sohasem szerepelt olyan, ami az ország elnyomóinak hódolatát vagy akár elismerését jelentette volna.